Sejarah Satuan Pengawasan Internal (SPI) Universitas Pembangunan Nasional “Veteran” Yogyakarta pertama terbentuk sejak tahun 201 dengan SK Rektor Nomor: 00/UN62/KP/201.., tanggal .. ….. 201.., tentang pembentukan Satuan Pengawasan Internal di lingkungan Universitas Pembangunan Nasional “Veteran” Yogyakarta. SPI UPN "Veteran" Yogyakarta dibentuk berdasarkan peraturan pemerintah Nomor: 23 tahun 2005 tentang pengelolaan keuangan Badan Layanan Umum (BLU) dimana didalam peraturan tersebut disebutkan bahwa pengawasan intern BLU dilaksanakan oleh satuan pengawas internal.
Berdasarkan SK tersebut, SPI bertugas untuk:
Didalam statuta UPN “Veteran” Yogyakarta Nomor: 85 tahun 2017, Pasal 33, disebutkan SPI menjalankan tugas, fungsi, dan wewenang pengawasan non-akademik untuk dan atas nama Rektor.
Susunan SPI tahap pertama dibentuk sesuai dengan SK Rektor Nomor: 00/UN62/KP/201.., tanggal .. ….. 201.., SPI UPN “Veteran” Yogyakarta dengan masa jabatan 4 tahun dilaksanakan oleh Ketua bapak Ir. Kresno, M.Sc., M.M. serta Tim SPI yang meliputi 1 (satu) Sekretaris, 3 (tiga) Anggota, dan 1 (satu) Staf SPI yang semua personelnya diperbantukan berasal dari dosen yang membawahi bidang audit keuangan, audit sdm/kepegawaian, audit mutu pendidikan dan pengajaran, serta kinerja organisasi UPN “Veteran” Yogyakarta.
Susunan SPI tahap kedua dilakukan pergantian susunan personel berdasarkan SK Rektor Nomor: 70/UN62/KP/2021, tanggal 4 Februari 2021, dengan susunan personalia baru yang dilaksanakan oleh Ketua bapak Dr. Sutoyo, S.E., M.Si, serta Tim SPI yang meliputi 1 (satu) Sekretaris, 3 (tiga) Anggota, yang semua personelnya diperbantukan berasal dari dosen yang membawahi bidang audit keuangan, audit sdm/kepegawaian, audit aset barang milik negara, serta audit mutu pendidikan dan pengajaran, serta kinerja organisasi UPN “Veteran” Yogyakarta.
Pengembangan dan perbaikan organisasi SPI dalam rangka penguatan pengawasan terus dilakukan dan diupayakan sesuai dengan perkembangan situasi dan kondisi kebutuhan manajemen di UPN “Veteran” Yogyakarta.